Lập trường chính thức của Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa là 300.000 người Trung Quốc trở lên đã bị thảm sát ở Nam Kinh.[58] Ban đầu, con số này thường được chấp nhận là bao gồm cả nạn nhân vụ thảm sát và binh lính Trung Quốc thiệt mạng trong chiến đấu, mặc dù trong suốt những năm 1980, con số này được hiểu là chỉ bao gồm các nạn nhân vụ thảm sát.[20]

Ngày nay, nhiều nhà sử học chính thống đồng tình rằng ước tính này là phóng đại.[1][25][59] Con số này ban đầu dựa trên phán quyết của Tòa án Tội ác Chiến tranh Nam Kinh, nơi đã cộng thêm số liệu chôn cất 155.300 thi thể và 72.291 xác chết bị tiêu hủy để đạt được tổng số 279.586, mặc dù có một sai lầm rõ ràng trong tính toán này.[1] Hơn nữa, ước tính này bao gồm cáo buộc rằng quân Nhật đã sát hại 57.418 tù binh Trung Quốc tại Mạc Phủ Sơn (幕府山), mặc dù nghiên cứu mới nhất chỉ ra rằng từ 4.000 đến 20.000 đã bị thảm sát,[60][61] và cũng bao gồm 112.266 xác chết được cho là được chôn cất bởi Sùng Thiện Đường, mặc dù ngày nay nhiều nhà sử học đồng ý rằng những ghi chép của Sùng Thiện Đường ít nhất đã bị phóng đại nếu không muốn nói là hoàn toàn bịa đặt.[1][62][63] Bob Wakabayashi kết luận từ điều này rằng ước tính hơn 200.000 là không đáng tin cậy.[1] Hata Ikuhiko coi con số 300.000 là một "con số biểu tượng" đại diện cho những đau khổ trong thời chiến của Trung Quốc chứ không phải là một con số để hiểu theo nghĩa đen.[64]

Tuy nhiên, chính phủ Trung Quốc vẫn giữ quan điểm cứng rắn về ước tính khoảng 300.000 nạn nhân.[21][65] Trong nội bộ Trung Quốc, các học giả tập trung vào việc bảo vệ các số liệu chính thức và trong quá khứ chính phủ đã áp đặt kiểm duyệt đối với các nhà sử học đề xuất các con số thay thế.[66] Joshua A. Fogel, một nhà sử học về Trung Quốc tại Đại học York, đã chỉ trích nỗ lực của nhiều người Trung Quốc trong việc phóng đại số người chết và sau đó "bịt miệng bất cứ ai không đồng ý".[67]

Năm 2006, Kaz Ross, một nhà sử học của Đại học Tasmania, đã phỏng vấn ẩn danh một số nhà nghiên cứu đại học ở Nam Kinh để tìm hiểu quan điểm riêng của họ.[68] Bà nhận thấy rằng các nhà sử học Trung Quốc ủng hộ ước tính từ 40.000 đến 150.000 và "suy đoán rằng việc giảm ước tính chính thức của Trung Quốc về nạn nhân sẽ mở đường cho sự hòa giải lớn hơn giữa Nhật Bản và Trung Quốc". Tuy nhiên, họ sợ rằng việc công khai nói ra "sẽ gây bất lợi cho sự nghiệp."[68] Ngược lại với Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa, lịch sử chính thức của Chiến tranh Trung-Nhật lần thứ hai do Trung Hoa Dân Quốc công bố cho biết số người chết trong vụ thảm sát là "hơn 100.000 người".[69]